亚洲卫星公司运行部主要负责监控卫星星载设备的运行状况，测定和控制卫星轨道和姿态，保障卫星正常运行；执行卫星转发器在轨测试，新卫星项目设计和监造，卫星星蚀管理，向用户提供7x24用户网络运行支持（包括日凌预报，载波开通测试，载波日常运行管理和传输异常处理等）。运行部下设卫星控制中心、卫星工程组、以及轨道分析和软件维护组。

• 卫星控制中心负责卫星测控的日常工作，收集卫星各分系统遥测数据，执行卫星测距和指令操作，从而指挥控制分系统的运行和轨道位置及姿态调整。卫星控制中心还负责用户网络运行的管理和支持，入网开通测试和卫星转发器管理。
• 卫星工程组负责日常卫星遥测数据的检查和分析，判断卫星各分系统的运行状况，并制定相应的卫星操作计划，如有异常状况，则尽快于最短时间内排除故障。卫星工程组还负责卫星转发器在轨测试。
• 轨道分析及软件维护组负责卫星轨道数据的收集和分析，安排周期性的轨道调整， 确保卫星运行的正确位置及正确姿态，并负责向用户提供日凌预报。轨道分析及软件维护组还负责亚洲卫星公司内部计算机网络和测控系统软硬件的运行和维护。